L’histoire du Musée national, comme celle de la plupart des musées nationaux d’Afrique de l’Ouest francophone remonte à l’époque coloniale avec la mise en place, en 1951, de la section soudanaise de l’Institut Français d’Afrique Noire (IFAN) dont la responsabilité fut confiée à Georges Szumowski, archéologue français d’origine polonaise.
Le 14 février 1954, le musée soudanais de Bamako fut inauguré avec une exposition dans le hall de l’École des Travaux Publics aujourd’hui École Nationale d’Ingénieurs (ENI). En 1958, le musée s’est installé dans un petit local situé dans le parc botanique.
Entre 1964 et 1979, faute de locaux, les collections ont été déplacées à plusieurs reprises.
C’est seulement en 1981, que le Musée national a été doté de locaux appropriés sur le site actuel.
Entre 2001 et 2003, les locaux de 1981 ont été réhabilités et agrandis. Deux salles d’exposition supplémentaires, des services au public (cafétéria, boutique) et un jardin de 1000 m2 ont été construits. De 400 m2 en 1981, les surfaces d’exposition sont passées à 1700 m2.
Mais le Musée National, c’est aussi aujourd’hui le Jardin de la préhistoire, parcours Théodore Monod, et la grotte du point G dont les aménagements ont été réalisés entre 2000 et 2002.
Le Musée National accueille des expositions d’art contemporain, est un partenaire actif des rencontres africaines de la photographie de Bamako, et organise les « jeudis musicaux », des concerts live gratuits et en plein air dans ses jardins.